Как пояснили в ведомстве, организация включена в перечень на основании решения Верховного суда России, признавшего ее экстремистской. При этом именно минюст стал инициатором закрытия организации, обратившись в суд с соответствующим иском. По мнению экспертов ведомства, работа «Свидетелей Иеговы» порождает угрозу защите прав и интересов общества и общественной безопасности.
Помимо прочего, организации ставился в вину отказ ее адептов от переливания крови. Многие материалы, распространяемые «Свидетелями Иеговы», также были признаны судом экстремистскими. В частности, в федеральный список экстремистских материалов (его также ведет минюст) включены более десятка выпусков журнала «Пробудитесь!», почти два с половиной десятка выпусков журнала «Сторожевая башня», несколько книг, изданных «Свидетелями Иеговы» на русском языке в разное время, свыше тридцати брошюр, буклет «Конец ложной религии близок».
Поначалу иски о ликвидации организации подавались на региональном уровне — к местным ячейкам «Свидетелей Иеговы». Практика складывалась разноречивая, где-то суды удовлетворяли иски, где-то — нет. В конце концов министерство юстиции подало иск в Верховный суд России о запрете уже в целом организации со всеми филиалами. Верховный суд России удовлетворил требования. Юридически ликвидированными теперь считаются «Управленческий центр Свидетелей Иеговы в России» и 395 входящих в его структуру местных религиозных организаций.
